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数学 統計に詳しい人が語るコロナウイルス (1002ﾚｽ)
数学 統計に詳しい人が語るコロナウイルス http://rio2016.5ch.net/test/read.cgi/math/1582910321/
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8: １３２人目の素数さん [sage] 2020/03/10(火) 08:21:22.15 ID:H1fx2jVB 収束時期のシミュレーションなら可能。 SEIRモデルで有病率を１％に固定して、集団のサイズを変化させてシミュレーションしてみたけどピークは変わらないな。 このモデルでは集会規模の大小には影響されないということになるな。 https://i.imgur.com/343K91V.png 有病率を変化させて流行の変遷をグラフにすると、 https://i.imgur.com/SZ15LKT.png https://i.imgur.com/gnJVFnd.png 有病率を４０％くらいに引き上げるとオリンピックのときには流行が収束していることになるw http://rio2016.5ch.net/test/read.cgi/math/1582910321/8
16: １３２人目の素数さん [sage] 2020/03/11(水) 06:30:05.15 ID:hVKkfTiV >>14 ご指摘ありがとうございます。 プログラムにバグがありました。 >10は撤回します。 正しくは https://i.imgur.com/jO5diiG.jpg pr2pv <- function( # prevalence to predicative value pr ,# prevalence sn=0.7, # sensitibity=TP/(TP+FN) sp=0.9) # specificity=TN/(TN+FP) { N=1 # polutaion million, billion,or any proper unit si=pr*N # sick population he=(1-pr)*N # healthy population TP=si*sn FN=si*(1-sn) TN=he*sp FP=he*(1-sp) PPV=TP/(TP+FP) NPV=TN/(TN+FN) PV=c(PPV=PPV,NPV=NPV) return(PV) } ご指摘のとおり、有病率36.36%のときに感度0.7，特異度0.9で陽性的中率が0.8になりました。 http://rio2016.5ch.net/test/read.cgi/math/1582910321/16
31: １３２人目の素数さん [sage] 2020/03/11(水) 15:10:41.15 ID:hVKkfTiV >>29 頭があるということは髄膜炎の診断に感度１００％って理解できている？ http://rio2016.5ch.net/test/read.cgi/math/1582910321/31
66: １３２人目の素数さん [sage] 2020/03/15(日) 18:44:20.15 ID:OTl1KJku >>65 発見率は平均値87/1524、0.01-0.10の区間の二項分布に従うと仮定する。 新型コロナ陽性患者を10人集めたい。 必要な被検者数の期待値と95%信頼区間を求めよ、とすると。 期待値175人 95％CIは142−210人 http://rio2016.5ch.net/test/read.cgi/math/1582910321/66
149: １３２人目の素数さん [sage] 2020/03/27(金) 23:24:27.15 ID:sdGiAEI7 オリンピック延期決定以後の検査数と陽性数 subjects=c(74,95,87) positives=c(41,47,40) PCRs3(subjects,positives,iter=10000,warmup=1000) として、 感度・特異度を考慮した推定有病率は mean lower upper 0.77417 0.56756 0.99944 > 日々の陽性数が二項分布に従うとして計算。 http://rio2016.5ch.net/test/read.cgi/math/1582910321/149
195: １３２人目の素数さん [sage] 2020/04/01(水) 12:55:21.15 ID:xwYPMdxl >>193 計算機で遊ぶこともできずに電卓で計算して必死で書いていて虚しくない？ CTの診断能を検討した論文。 https://doi.org/10.1148/radiol.2020200823 誰でも鑑別できるのか疑問に思った このペーパのTable 3に3人の読影医の結果が載っている。 TP FP TN FN sen spc PPV NPV accuracy 1 158 13 192 61 0.72 0.94 0.92 0.76 0.83 2 157 24 181 62 0.72 0.88 0.87 0.74 0.80 3 206 156 49 13 0.94 0.24 0.57 0.79 0.60 陽性尤度比、陰性尤度比、Diagnostic Odd Ratio(陽性尤度比/陰性尤度比)を計算して加えると TP FP TN FN sen spc PPV NPV acc PLR NLR DOR 1 158 13 192 61 0.72 0.94 0.92 0.76 0.83 11.4 0.30 38 2 157 24 181 62 0.72 0.88 0.87 0.74 0.80 6.1 0.32 19 3 206 156 49 13 0.94 0.24 0.57 0.79 0.60 1.2 0.25 5 PPV,accuracy,DORから読影医3が劣っているようにみえる。 PPVで三者を検定してみる。多重比較になるので一番厳しいBonferri法で補正 Pairwise comparisons using Pairwise comparison of proportions data: TP out of TP + FP 1 2 2 0.4 - 3 1e-15 2e-11 明らかに３が劣っている。 http://rio2016.5ch.net/test/read.cgi/math/1582910321/195
213: １３２人目の素数さん [] 2020/04/06(月) 16:39:50.15 ID:taqqH9Ce 死者数が少ないのは注目すべきことだけど、それもいつまで続くか、、、 発症から集中治療室に入るまで２週間弱。死ぬまでがさらに一週間。 ってことは、この２週間での感染者激増が死者数に反映するまで、 あと一週間かかるってこと。 重症者の激増もそろそろ始まることだと思われる。 検査数とか感染者数、重症者数etc.を可視化したデータってここくらいか？ https://toyokeizai.net/sp/visual/tko/covid19/ http://rio2016.5ch.net/test/read.cgi/math/1582910321/213
365: １３２人目の素数さん [] 2020/04/18(土) 20:40:48.15 ID:iquzLVJz >>358 おいおい、なにも間違ったことは書いてないでしょ。 君の引用の仕方に問題があるんだよ。 >>ニュースなどで「クラスターで陽性が10人」＝「10人が感染」と素直に受け取ってしまう向きも多いだろう。 で一旦段落は終わってるんだから、１万人を検査すると云々という、設定された 「問題」の答えとは直接リンクしてない。君のように勘違いする人はいるかも しれないが、きちんと読めば間違ったことは書いてないことがわかるはず。 どこにもクラスターの有病率が１％だなどとは書いてない。 で、仮に有病率が50%でも、 >「クラスターで陽性が10人」＝「10人が感染」 ではないわけで、引用元の著者の主張はまっとうなものだと思える。 >>364 だから、有病率が高いと見込まれる集団での検査であればいいわけで、 むやみに検査せずにある程度絞り込むべきだ（たとえば、クラスター 感染が疑われる集団を対象にせよ）とまで記事の中で述べられていれば よかったんだろうけど、そこまで書かなかったのは片手落ちだったかもね。 http://rio2016.5ch.net/test/read.cgi/math/1582910321/365
652: １３２人目の素数さん [] 2020/05/29(金) 17:18:00.15 ID:OOwyRgpM 岩田健太郎 Kentaro Iwata @georgebest1969 日本が第一波をかなりうまく乗り切ろうとしているのだけど、最大の功労者の一人は西浦博先生だよ。それは絶対に間違いない。 午後5:44 2020年5月20日 http://rio2016.5ch.net/test/read.cgi/math/1582910321/652
655: １３２人目の素数さん [] 2020/05/29(金) 19:53:22.15 ID:iNWKoruo >>653 藤浪も仲間に入れてやって。 岡江久美子も５月１０日前後の感染急減には貢献したかも。 しかし、岩田健太郎に擁護されてもむしろ逆効果でお気の毒＞８割おじさん http://rio2016.5ch.net/test/read.cgi/math/1582910321/655
763: １３２人目の素数さん [sage] 2020/07/10(金) 18:08:08.15 ID:uMeV9IwL >>762 SARS罹患した若者の長期予後は芳しくないと耳にしたことがある。 SARS-COV-2の場合の長期予後は未知だから楽観視できないと思う。 http://rio2016.5ch.net/test/read.cgi/math/1582910321/763
859: １３２人目の素数さん [] 2020/07/20(月) 09:31:31.15 ID:IvKiJrmj 積極的にPCR検査しない道県は SIモデル。 府はガン細胞増殖のK値モデル http://rio2016.5ch.net/test/read.cgi/math/1582910321/859
926: １３２人目の素数さん [sage] 2020/07/28(火) 10:30:12.15 ID:WVF7YRda >>925 まぁ調べようないね そもそもモデル曲線のパラメータをボコボコ増やしていけばそりゃいくらでも表現力は高まるんだからドンドン実測値に合わせていける でも神ならぬ人間にはそんな実測不能のパラメータだらけの曲線を持ってきてもしょうがない 結局モデル曲線の母数の推定に使えるモニタリング指標なんて限りがあるし、その少ない情報の中で可能な限りせめて全体の傾向だけでも捉える事ができないかと考えられたのがsirなんだから 「こういう調査すれば××がわかってより正確な予測ができる」なんてものはいくらでもあるだろうけどないものねだりしたってしょうがない まぁsirは病理的パラメータとして回復率しか見ないけど実際には病理的に決定できるパラメータがもっとたくさんあるけとな しかし日本人の実際の生活において自然免疫だけで撃退できる比率はムズイんだろうと思う もちろん研究してる人もいるだろうけど しかしどれくらい被曝してどれくらい発症する人がいるのかなんて人体実験でもしないと出ないだろうし http://rio2016.5ch.net/test/read.cgi/math/1582910321/926
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