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数学 統計に詳しい人が語るコロナウイルス (1002ﾚｽ)
数学 統計に詳しい人が語るコロナウイルス http://rio2016.5ch.net/test/read.cgi/math/1582910321/
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546: １３２人目の素数さん [sage] 2020/05/17(日) 20:41:31.22 ID:/XIaXEJI >>545 それはそのモデルでのRtの定義ですね、 ではなく例えば4/1〜4/30までのデータx1,x2,‥,x30までが与えられた時、各日付のCIをどう定義してるのかがわからないんです。 統計量Xが一つあってその観測値xが一つある時そのレベルλのレベルλのCIがIであるとは P(X<x|θ)>(1-λ)/2 & P(X>x|θ)>(1-λ)/2 ⇔ θ∈I (θがIに入らないときはxが小さすぎてそんな観測値が得られる確率が(1-λ)/2以下になるか、xが大きすぎてそんな事が起こる確率が(1-λ)/2以下になってほとんど起こり得ない) となりますが、統計量が複数になるとこの大きすぎて、小さすぎてと二つのハズレ領域を考えるだけでは済まなくなります。 ハズレ領域の設定の仕方は色々考えられるけど統計の問題なので自分で俺様流の領域を設定するわけにもいかないのでpublicにはどう処理してるのだろうと。 しかし疫学の教科書わざわざ買うほどには興味もないしw 知ってる人いたら教えてもらおうと。 まだ論文読んでないので書いてあるかもですけど。 http://rio2016.5ch.net/test/read.cgi/math/1582910321/546
547: １３２人目の素数さん [sage] 2020/05/18(月) 05:56:32.65 ID:hVD/4gbI >>546 >523氏が挙げてくれた 実効再生産数とその周辺 に 記述があったが、publicと呼べるのかどうかは門外漢なので知らない。 https://github.com/contactmodel/COVID19-Japan-Reff/blob/master/nishiura_Rt%E4%BC%9A%E8%AD%B0_12May2020.pdf こんな記述があった >> Several non mathematical definitions. A: あるカレンダー時刻 t で起こっている 2 次感染数の 1 人あたり平均値 B: あるカレンダー時刻 t で感染した 1 人がその後の経過で生み出す 2 次感染者数の平均値 C: 罹患率 有病割合比などから推定される 1 人あたりの 2 次感染者数（ actual reproduction number とか） D: 予防接種など流行対策下での 1 人当たりが生み出す 2次感染者数 << と定義は一義的ではないみたいだが、 西浦モデルでのR1(t) R2(t)は >540の論文では Rt Rct （ｃはcohortの頭文字)として言及されているから、まあ、理論疫学者の間ではcommonな定義なんだろうと思う。 http://rio2016.5ch.net/test/read.cgi/math/1582910321/547
548: １３２人目の素数さん [sage] 2020/05/18(月) 06:16:59.93 ID:hVD/4gbI >>546 >4/1〜4/30までのデータx1,x2,‥,x30 x1,...,x30が感染者数なら非負整数で与えられるから、CIを考える必要があるかな？ 集計ミスで19人が117人とかあったらしいから、信頼区間を考える必要があるのかもしれないとは思うけど。 確かに、発症日に関してはファジーな部分があるとは思う。 いつから熱がありましたか？味がわからなくなりましたか？と問われても１〜３日位の幅はでるだろう。 RのEpiEstim::estimate_Rをヘルプファイルの実例を使って走らせてみた。 serial intervalの分布をデータから推定させるのに infecterの発症日の下限・上限 infecteeの発症日の下限・上限 を設定する項目が(EL,ER,SL,SR)があった。 このデータに合致する分布関数(ガンマ、ワイブル、対数正規分布が指定可能）のパラメータを算出して計算させているみたい。 西浦モデルではワイブル分布で固定。 潜伏期間にも変動があるから、誰がinfecterで誰がinfecteeかを決定するのも難しいだろうとは思う。 後から発症した人間が感染源というのもありうるし。 http://rio2016.5ch.net/test/read.cgi/math/1582910321/548
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