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数学 統計に詳しい人が語るコロナウイルス (1002ﾚｽ)
数学 統計に詳しい人が語るコロナウイルス http://rio2016.5ch.net/test/read.cgi/math/1582910321/
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207: １３２人目の素数さん [sage] 2020/04/05(日) 09:54:53 ID:fV/kgtmE オリンピック延期決定以後の東京都の行政PCR検査での陽性率をグラフにすると https://i.imgur.com/XMKErLV.png （陽性数より検査件数の公表は２〜３日遅れる） PCR検査は感度60％、特異度90％くらいなので検査を受けた集団の有病率はもっと多いはず。 感度(最頻値0.6 標準偏差0.1)、特異度（最頻値0.9 標準偏差0.05)のベータ分布に設定、有病率は(0,1)の一様分布でMCMCしたみた。 https://i.imgur.com/1ZkOk33.png 有病率40％くらいありそうだな。 http://rio2016.5ch.net/test/read.cgi/math/1582910321/207
210: １３２人目の素数さん [] 2020/04/06(月) 01:00:30 ID:taqqH9Ce >>207 疑い例だけに絞って検査してるんだから、有病率が高いのは当たり前。 検査を拡大すれば感染者数は増えるが、有病率はぐっと下がるだろう。 http://rio2016.5ch.net/test/read.cgi/math/1582910321/210
215: １３２人目の素数さん [sage] 2020/04/06(月) 22:07:12 ID:Sgr4CLg/ >>207 東京都は陽性者数は公表しても検査人数を迅速に公表しないのでRのパッケージAmeliaを使って多重代入法による欠測データ処理してみる。 # subjects=c(74,95,87,143,244,330,41,145,164,469,NA,NA,NA) positives=c(17,41,47,40,63,68,13,78,66,97,89,117,143) (dataset=data.frame(subjects,positives)) # 検査実施人数を欠測データとしてAmeliaで推定 library(Amelia) na.idx=which(is.na(subjects)) M=1000 set.seed(1234) ; a.out=amelia(dataset,m=M) imp=a.out$imputations NAsubject=NULL for(i in 1:M){ NAsubject=rbind(NAsubject,imp[[i]][na.idx,1]) } missing.data=round(apply(NAsubject,2,mean)) subjects[na.idx]=missing.data PCRs3(subjects,positives,iter=10000,warmup=1000,verbose=TRUE) 行政検査例の有病率と95％信頼区間 mean lower upper 0.3745734 0.1048757 0.6575508 https://i.imgur.com/DxVNXad.png http://rio2016.5ch.net/test/read.cgi/math/1582910321/215
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