[過去ﾛｸﾞ] 数学 統計に詳しい人が語るコロナウイルス (1002ﾚｽ)
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497(1): 2020/05/14(木)08:00 ID:kec+XbRE(1/9) AAS
>>494
これにある、
JapaneseDataCOVID19
ってどこかからダウンロードできるんだろうか？
499: 2020/05/14(木)11:47 ID:kec+XbRE(2/9) AAS
>>498
ありがとうございます。
500: 2020/05/14(木)11:51 ID:kec+XbRE(3/9) AAS
親ディレクトリ（フォルダ）探せばよかったんだね。
外部ﾘﾝｸ:nbviewer.jupyter.org
502: 2020/05/14(木)13:58 ID:kec+XbRE(4/9) AAS
>>494
これを走らせてみたい人いますか？
> datestar = as.Date("2020-05-10")
> datemin = as.Date("2019-12-25") # particular choice
> (tstar = as.numeric(datestar - datemin))
[1] 137
> (K = nrow(df_cases)) # 147
省13
503: 2020/05/14(木)14:10 ID:kec+XbRE(5/9) AAS
upper_boundの制限を外して
data {
// int<lower = K> upper_bound;
int upper_bound;
再生数の平均値を以下の出すブロックを加えて走らせてみた。
transformed parameters{
real mean_Rt;
省11
504(1): 2020/05/14(木)16:35 ID:kec+XbRE(6/9) AAS
再生算数を０〜１０人の一様分布にすると、収束しない。
> print(fit_u)
Inference for Stan model: fit_infection_u.
4 chains, each with iter=10000; warmup=5000; thin=5;
post-warmup draws per chain=1000, total post-warmup draws=4000.
mean se_mean sd 2.5% 25% 50% 75% 97.5% n_eff Rhat
mean_Rt 2.15 0.05 0.10 1.98 2.06 2.16 2.23 2.30 3 1.99
省5
506: 2020/05/14(木)17:23 ID:kec+XbRE(7/9) AAS
>>494
モデルで再生産数の事前分布は 平均2.5 標準偏差2.0の正規分布に設定されていたので
平均と標準偏差を変化させて、再生産数の事後分布を描出してみた。
かなり、事前分布の影響を受けるみたい。
画像ﾘﾝｸ[png]:i.imgur.com
507: 2020/05/14(木)17:26 ID:kec+XbRE(8/9) AAS
どうも、こういう境地だなぁ。
断定的な結論は出せないということを数字で確認しているだけｗ
511: 2020/05/14(木)19:09 ID:kec+XbRE(9/9) AAS
再生産数の事前分布を色々かえて事後分布を出してみた。
画像ﾘﾝｸ[png]:i.imgur.com
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