[過去ログ] 数学 統計に詳しい人が語るコロナウイルス (1002レス)
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257: 2020/04/12(日)12:40 ID:+MLUgV1E(1/3) AAS
>>254
95%信頼区間も計算方法がいくつかあるよね。

> binom::binom.confint(5,1533)
method x n mean lower upper
1 agresti-coull 5 1533 0.003261579 0.0011557601 0.007850672
2 asymptotic 5 1533 0.003261579 0.0004073974 0.006115760
3 bayes 5 1533 0.003585398 0.0009655853 0.006611832
省8
258
(2): 2020/04/12(日)13:03 ID:+MLUgV1E(2/3) AAS
有病率:一様分布
感度:最頻値0.6標準偏差0.1のベータ分布
特異度:最頻値0.9標準偏差0.05のベータ分布
として検査陽性数は有病率*感度+(1−有病率)*(1−特異度)の確率に従う二項分布

というモデルでMCMCすると

画像リンク[png]:i.imgur.com

有病率
省8
263
(1): 2020/04/12(日)21:48 ID:+MLUgV1E(3/3) AAS
>>260
特異度の事前分布を最頻値0.9標準偏差0.05にした影響かと思って

特異度の事前分布を最頻値0.5 標準偏差0.2にしてMCMCしても同様の結果だった。(感度は最頻値0.6標準偏差0.1で同じ設定)

PCRs2(1533,5,SEN=0.6,SPC=0.5,SD1=0.1,SD2=0.2)$fit
Inference for Stan model: model3.
4 chains, each with iter=2000; warmup=1000; thin=1;
post-warmup draws per chain=1000, total post-warmup draws=4000.
省9
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