[過去ﾛｸﾞ] 数学 統計に詳しい人が語るコロナウイルス (1002ﾚｽ)
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20: 2020/03/11(水)12:11:08.61 ID:cCbbhTPY(1) AAS
混同行列は最低限の知識として知っておくべきだな
116(3): 2020/03/24(火)14:42:23.61 ID:TnHQvRcs(12/20) AAS
富山では62人PCR検査して陽性0人（3月22日までの集計)有病率を推定とその信頼区間を推定したい。
外部ﾘﾝｸ[pdf]:www.pref.toyama.jp
PCR検査の感度は最頻値0.6標準偏差0.１、特異度は最頻値0.9標準偏差0.05のベータ分布（正規分布は負になったり1を超えるので不適）、
有病率は一様分布として、推定される有病率の期待値と95％を計算せよ。
図示するとこんな感じ。
画像ﾘﾝｸ[png]:i.imgur.com
stanのモデルのスクリプトはこれ
省23
176: 2020/03/31(火)06:08:43.61 ID:2llZ2I8j(1/7) AAS
>>175
Reed Frost モデルかな？
何を使ったかには言及がなかった。
211: 2020/04/06(月)05:54:28.61 ID:xOX4/rO7(2/3) AAS
>>210
検査を受けた集団の有病率の事前分布を(0,0.2)に設定して実行すると
画像ﾘﾝｸ[png]:i.imgur.com
MCMCで感度や特異度の事後分布が出せるのが面白い。
316: 2020/04/16(木)00:15:39.61 AAS
>>310
このバカペディアを弄った低学歴猿って確実にベイズの定理を理解してない
401(5): 2020/04/24(金)02:55:58.61 ID:juJsFFfP(1) AAS
慶応大の調査で、コロナ以外で来院した人をPCR検査したところ
4/67の確率で要請だった
東京都内1500万のうち何人くらいが感染しているか推定せよ
488(2): 2020/05/11(月)01:36:00.61 ID:P7wrhagU(1/2) AAS
西浦先生はRじゃないかな。
今週ぐらいに、実効再生産数を算出するRのコードを公開できるかもと言ってた。
火曜にはニコ生があるから、そこでたっぷりと聞けるはず。
外部ﾘﾝｸ:sp.live.nicovideo.jp
515: 2020/05/15(金)12:26:48.61 ID:GeDvuMme(2/2) AAS
言い換えると、真の陽性率はわかりません、ってこと。
534: 2020/05/17(日)00:18:59.61 ID:u5AEq3c8(2/8) AAS
別の論文だと対数正規分布がフィットすると西浦氏は記載している。
serila interval : infector と infecteeの発症間隔
外部ﾘﾝｸ:www.ijidonline.com
その分布が平均4.7 標準偏差2.9の対数正規分布が最もフィットするのはいいんだが、
その分布を与えるパラメータの記述がほしい。
最小二乗法で求めてみた。
$par
省10
594: 2020/05/21(木)18:46:18.61 ID:hAZkHjNF(17/21) AAS
>>592
ちなみに事前分布は一様分布に設定。
620(1): 2020/05/26(火)16:32:28.61 ID:+yxrXOhy(1/3) AAS
中国・武漢全域で行われた新型コロナウイルスのPCR検査で、189人が無症状の感染者と確認されました。
武漢では35日ぶりに新たな感染者が確認されたため、14日から「10日間大戦争」と銘打ち、延べ900万人にPCR検査を行いました。中国メディアによりますと、そのうち657万人の結果が出て、189人が無症状の感染者でした。
10万人のうち2.87人が無症状感染者の計算になるとしています。中国のSNSには、検査人数のあまりの多さに看護師が泣き叫ぶ動画が投稿されていて、
一日の検査能力である最大10万件を大幅に超えた検査の精度を疑問視する声もあります。10日間ですべての検査が終わらなかったので、検査は26日午後も続いています。
[2020/05/26 13:22]
外部ﾘﾝｸ[html]:news.tv-asahi.co.jp
画像ﾘﾝｸ[jpg]:news.tv-asahi.co.jp
621: 2020/05/26(火)16:47:55.61 ID:+yxrXOhy(2/3) AAS
189/6570000は
有病率、感度、特異度の事前分布はどうするかな？
有病率：一様分布
感度：最頻値0.6標準偏差0.1のベータ分布
特異度：最頻値0.9標準偏差0.05のベータ分布
として検査陽性数は有病率＊感度＋（１−有病率）＊（１−特異度）の確率に従う二項分布
でいいか?
648(1): 2020/05/27(水)19:34:58.61 ID:DONHjyrT(6/7) AAS
>>646
院長と３日めの発症した看護師とどれくらい確率が違うかは
常識では出せないだろ。
こういう計算には数値化が必要。
ある開業医が新型コロナ肺炎に罹患したとする。
行動調査によって発症前にキャバクラに行っており接客したキャバ嬢が開業医発症の２日後に発症していたことがわかった。
キャバ嬢は開業医から移されたと主張して１億円の賠償を求めている。
省2
681(2): 2020/06/09(火)23:46:15.61 ID:Rz+Wm47s(1) AAS
>>672
理論的根拠があって負の二項分布を選んだのかと思って読んでみたらRであてはまりのよい分布を探したみたい。
Calculation of serial interval and empirical offspring distribution
We calculated the median serial interval as the difference between the symptom onset dates of each infector-infectee pair, excluding asymptomatic cases, and fitted normal, lognormal, gamma and Weibull distributions using the R package “fitdistrplus" and maximum-likelihood methods, excluding eight non-positive data points for the latter three distributions.
We generated the empirical offspring distribution from the observed number of secondary cases per individual infector and similarly fit negative binomial, geometric and Poisson distributions as before.
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