高校数学の質問スレ（医者・東大卒専用） Part438

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824: １３２人目の素数さん [sage] 2025/05/02(金) 22:44:37.00 ID:056ygUN9

EMPAREG試験の解析をベイズでやっていたら、低用量高用量を統合する必要もなかったはず。
頻度主義統計で有意差がでない237:253の範囲でもプラセボよりイベント発生を抑制することが示せる。

############## 237:253 ################

# JAGSモデル文字列
model_string <- "
model {
for (i in 1:N) {
s[i] ~ dbin(theta[i], n[i])  # n[i] を別に与える
theta[i] ~ dbeta(1, 1)       # 非情報的事前分布
}
}
"

EMPA_REG=\(x,verbose=FALSE){
# データ
data_list <- list(
s = c(288, x, 490-x),
n = c(2333, 2345, 2342),
N = 3
)

# 初期値
# init_fun <- function() list(theta = runif(3, 0.05, 0.15))
init_fun <- function() list(theta = runif(3))

# モデル構築・初期化・実行
library(rjags)
model <- jags.model(textConnection(model_string),
data = data_list,
inits = init_fun,
n.chains = 3,
n.adapt = 1000)

# バーンインとサンプル取得
update(model, 1000)
samples <- coda.samples(model,
variable.names = c("theta"),
n.iter = 5000)
ms=as.matrix(samples)
Placebo=ms[,1]
Low=ms[,2]
High=ms[,3]
if(verbose){
ylim=c(0,max(max(density(Placebo)$y),  max(density(Low)$y),  max(density(High)$y)))
xu=max(max(density(Placebo)$x),  max(density(Low)$x),  max(density(High)$x))
xl=min(min(density(Placebo)$x),  min(density(Low)$x),  min(density(High)$x))
xlim=c(xl,xu)
plot(density(Placebo),xlim=xlim,ylim=ylim,xlab=quote(theta),ylab='',main='',col=8)
lines(density(Low),col='pink',lwd=2)
lines(density(High),col='red',lwd=2)
}
c(Low_Effective=mean(Low<Placebo),High_Effective=mean(High<Placebo) )
}

ans=sapply(237:253,EMPA_REG)
ans

http://rio2016.5ch.net/test/read.cgi/math/1723152147/824

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