[過去ﾛｸﾞ] 数学 統計に詳しい人が語るコロナウイルス (1002ﾚｽ)

数学 統計に詳しい人が語るコロナウイルス http://rio2016.5ch.net/test/read.cgi/math/1582910321/

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424: １３２人目の素数さん [sage] 2020/04/28(火) 10:03:02.25 ID:/p2virDs https://www.researchgate.net/publication/340869568_Saliva_Sample_as_a_Non-Invasive_Specimen_for_the_Diagnosis_of_Coronavirus_Disease-2019_COVID-19_a_Cross-Sectional_Study/link/5ea19006458515ec3aff8f36/download https://i.imgur.com/3GWmZz3.png に有病率の低い群で行った唾液と鼻咽頭スワッブ200例のcross-section tableがあったので これでKappa係数とPABAK（prevalence ad-justed bias adjusted kappa）とその信頼区間をstanのMCMCで出してみた。 swabと唾液でまあ、結果が合致している。 > print(fit.kappa,pars=c('kappa','PABAK')) Inference for Stan model: kappa. 4 chains, each with iter=2000; warmup=1000; thin=1; post-warmup draws per chain=1000, total post-warmup draws=4000. mean se_mean sd 2.5% 25% 50% 75% 97.5% n_eff Rhat kappa 0.81 0 0.07 0.65 0.77 0.81 0.86 0.92 3540 1 PABAK 0.93 0 0.02 0.88 0.92 0.93 0.95 0.97 3342 1 JAGSでMCMCしてもほぼ同じ結果。 https://i.imgur.com/XKT53Fy.png http://rio2016.5ch.net/test/read.cgi/math/1582910321/424

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