高校数学の質問スレ（医者・東大卒専用） Part438 (991ﾚｽ)
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840: 05/20(火)23:31 ID:gwaBTE4C(1) AAS
library(R2jags)

# データ
data <- list(
nA1 = 100, rA1 = 80, # Study1: 治療A
nB1 = 100, rB1 = 40, # Study1: 治療B
nA2 = 100, rA2 = 10, # Study2: 治療A
nC2 = 100, rC2 = 5 # Study2: 治療C
)

# JAGSモデル（textConnection使用）
model_code <- "
model {
# 尤度関数
rA1 ~ dbin(pA1, nA1)
rB1 ~ dbin(pB1, nB1)
rA2 ~ dbin(pA2, nA2)
rC2 ~ dbin(pC2, nC2)

# 治療Aの階層モデル
mu_A ~ dbeta(1, 1)
tau_A ~ dgamma(0.001, 0.001)
pA1 ~ dbeta(mu_A * tau_A, (1 - mu_A) * tau_A)
pA2 ~ dbeta(mu_A * tau_A, (1 - mu_A) * tau_A)
sigma_A <- 1 / sqrt(tau_A) # SDに変換

# 治療BとCも階層化（平均リスクを別々に推定）
mu_B ~ dbeta(1, 1)
mu_C ~ dbeta(1, 1)
pB1 ~ dbeta(mu_B * 100, (1 - mu_B) * 100) # 高い精度を仮定
pC2 ~ dbeta(mu_C * 100, (1 - mu_C) * 100)

# リスク差
RD_A1_B1 <- pA1 - pB1
RD_A2_C2 <- pA2 - pC2
RD_B1_C2 <- pB1 - pC2 # B vs Cの直接比較
}
"

# JAGS実行
jags_model <-
(textConnection(model_code),
data = data, n.chains = 3, quiet=TRUE)
update(jags_model, 3000) #, progress.bar="none")
jags_samples <- coda.samples(jags_model,
c("mu_A", "sigma_A", "RD_A1_B1", "RD_A2_C2", "RD_B1_C2", "pA1", "pA2", "pB1", "pC2"),
n.iter=10000) # , progress.bar="none")
gelman.plot(jags_samples)
plot(jags_samples)

summary(jags_samples)
jags_samples |> as.matrix() |> as.data.frame() -> js
names(js)

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