[過去ﾛｸﾞ] 【1ボードPC】分散コンピューティング【コロナ】 (1002ﾚｽ)
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1(12): rosetta@raspberrypi.linux.5ch [rosetta@localhost] 2020/04/18(土)03:08 ID:V24khQV9(1) AAS
◆分散コンピューティングについて
一つ一つのPCの処理能力は微力であっても数が集まれば、スーパーコンピューターに匹敵あるいはそれ以上の処理能力となる。
ネットでつながった複数のPCに仕事を分散させて処理させることを分散コンピューティングという。
このスレでは主に、シングルボードPCによる分散コンピューティングについて取り扱っています。
◆BOINCプラットフォームについて
（Berkeley Open Infrastructure for Network Computing プラットフォーム）
分散コンピューティングのためのプラットフォームの一つであり、カリフォルニア大学バークレー校によって開発された。
汎用性が考慮され、このプラットフォーム一つで複数の分散コンピューティングプロジェクトに参加しそれぞれにPCの処理能力を提供できる。
省14
2(1): 2020/04/18(土)03:09 ID:HIP+jPxB(1) AAS
それはそうと、なんか腹減ったなぁ
3(2): rosetta@raspberrypi.linux.5ch [rosetta@localhost] 2020/04/18(土)03:22 ID:sBMQlTw/(1/7) AAS
◆BOINCクライアントのインストールについて
〇各種Linuxへのインストール方法、並びにDockerイメージ、Linuxを含んだブータブルイメージを用いる方法について次のページに記載されている。
外部ﾘﾝｸ:boinc.berkeley.edu
〇Raspberry Pi 3 or 4 へのインストール方法は、次のサイトが参考になる。
外部ﾘﾝｸ:www.element14.com
”ここに簡易マニュアルを貼る予定でしたけど、
エラーのため、簡易マニュアル貼れませんでした。攻撃コードとみなされてしまいました。”
次レス（プロジェクトへの参加手順）
4: rosetta@raspberrypi.linux.5ch [rosetta@localhost] 2020/04/18(土)03:23 ID:sBMQlTw/(2/7) AAS
◆BOINCからプロジェクトへの参加手順
ここでは例として、Rosetta@homeプロジェクトへ参加する手順を挙げる。
Rosetta@homeプロジェクトでは、生体分子であるタンパク質の立体構造の予測や新しいタンパク質のデザインを取り扱っている。
これは、病気の薬物治療や診断に役立つ。このプロジェクトに参加すると最先端の医学研究に貢献することができる。
外部ﾘﾝｸ[php]:boinc.bakerlab.org
最近では新型コロナウイルスの解析に取り組んでいる。
下記手順では、RaspbianのデスクトップにおいてGUIのBOINCマネージャーを用いているものとする。
1、BOINCマネージャーの起動
BOINCマネージャーは、System Tools内にショートカットがあるので起動する。
２、参加するプロジェクトの選択（Rosetta@homeに参加する方法）
省13
5: rosetta@raspberrypi.linux.5ch [rosetta@localhost] 2020/04/18(土)03:26 ID:sBMQlTw/(3/7) AAS
◆Rosettaプロジェクトのチームへの参加手順
例として、rosetta@raspberrypi.linux.5chチームへの参加方法と注意点を挙げます。
英語版のBOINC Managerで説明します。日本語版では適宜読み替えてください。
BOINC Manager（Advanced View）から、Projectタブを開き、右リストから参加中プロジェクトを選択する。
左下に出て来るProject Web pagesから、Your Accountボタンをクリックする。
ブラウザが自動起動し、自分のアカウント情報ページ（Your accountページ）が開く。ログインした状態である。
１、チーム主催者に自分のメールアドレスを通知したくない場合
（通知したい場合は1の手順を飛ばして2へ）
Your accountページの中に、Preferences欄があり、そこに、Preferences for this project Rosetta@home preferencesがあるので、リンクを開く。
開いたページに、Edit preferences リンクがあるので開く。
省10
6(1): rosetta@raspberrypi.linux.5ch [rosetta@localhost] 2020/04/18(土)03:26 ID:sBMQlTw/(4/7) AAS
◆関連スレ
【Raspberry Pi】ラズベリー・パイ part54【Arm】
2chｽﾚ:linux
【BOINC】余ったPCで分散演算処理【Linux】
2chｽﾚ:linux
【Team 2ch】分散コンピューティング総合321【UD→BOINC】
2chｽﾚ:entrance
7: rosetta@raspberrypi.linux.5ch [rosetta@localhost] 2020/04/18(土)03:29 ID:sBMQlTw/(5/7) AAS
>>3
簡易マニュアルを貼れなかったので、
こちらをご参照ください。
スレ説明の原稿となります。
外部ﾘﾝｸ:pastebin.com
8(2): 2020/04/18(土)04:32 ID:uqDr6Zah(1/6) AAS
>>1
乙
現在867位 ノースカロライナ大学を差す勢い
外部ﾘﾝｸ[php]:boinc.bakerlab.org
9(2): 2020/04/18(土)06:52 ID:Okfhj6P+(1) AAS
でもラズパイ4だけなんでしょう？
10: 2020/04/18(土)07:16 ID:TzvetK/D(1) AAS
スレ立て有難うございます！
11: まな板 2020/04/18(土)07:18 ID:/c2iEMaF(1) AAS
>>1
乙であります。(｀･ω･´)ゞ
>>8
私も朝イチで見てワクワクしちゃいましたよ。((o(´∀｀)o))ﾜｸﾜｸ
>>9
私としてはラズパイスレ発だけど
SBC、延いてはLinux全般まだ波及したらいいのにな、と思っています。
そしたら実験でミスってうごかしたRYZENも。。。（笑）
12: 2020/04/18(土)08:11 ID:uqDr6Zah(2/6) AAS
>>9
3B, 3B+でも何とか動くがお勧めはしない
13: 2020/04/18(土)09:29 ID:RevIxv/7(1) AAS
>>1
乙！
14(1): 2020/04/18(土)09:51 ID:FWP3XLX8(1/15) AAS
>>1
スレ建てお疲れ様です＆ありがとうございます。
チームのウェブサイトをこのスレにしておきました。
15: 2020/04/18(土)10:05 ID:FWP3XLX8(2/15) AAS
ウェブの「Rosetta@home についての好みの設定(プレファレンス)」に
「Target CPU run time」という項目があります。
ここで指定した時間「以上」の仕事を割り振ってくれるらしいので
「2 hours」に変更してみました。
昨日の朝その設定にしたのですが変わった様子もなく・・・
今朝起きたら推定4時間台とか2時間台の仕事がきていました。
設定が反映されたのかたまたまなのかわかりませんが。
16: 2020/04/18(土)10:12 ID:sBMQlTw/(6/7) AAS
>>14
どうもありがとうございました。
17(2): 2020/04/18(土)11:11 ID:EXyJOTQC(1/3) AAS
H/Wのおすすめ的なやつとかあったらうれしい．．．（ラズパイのドライブではまり中
18(1): 2020/04/18(土)12:21 ID:sBMQlTw/(7/7) AAS
>>17
ドライブとは例えばなんですか？
19(1): 2020/04/18(土)12:49 ID:FWP3XLX8(3/15) AAS
>>17
おすすめではないけれど。。。
私はもうSDは消耗品だと割り切りました。
Rosettaを始める前からSETIとかEinsteinとかやってたんですが
SDカード延命のためにRAMディスク化とかswapなしとかの設定をしていたんですね。
でもRosettaだとメモリ不足でエラーが多発したので、その辺の設定はやめました。
特にメモリ不足というログはなかったのですが計算中にエラーが発生という報告ばかりになって。。。
(初代Model BでEinsteinを試した時はそんなログが出たのですが)
今は問題なく動いています。
あと、本体にヒートシンクとファンは必須ですね。
省3
20(1): 2020/04/18(土)13:31 ID:rFrx/l8z(1/2) AAS
一番軽いプロジェクトってどれかな
p2で参加したいｗ
21: 2020/04/18(土)13:31 ID:X9mCdM+Q(1) AAS
>>8
795位なう
22(1): 2020/04/18(土)13:57 ID:FWP3XLX8(4/15) AAS
>>20
2BでやるならEinsteinかUniverseですね。
時間的にはどちらも10数時間で、Einsteinが前半、
Universeが後半ぐらいの仕事が多いと思います。
でも1件あたりの仕事量としてはUniverseのほうがかなり多いみたいで
結果（数字）を見るのはUniverseのほうが楽しくなりますｗ
Asteroidsは1日とか2日とか。Yoyoはもっとかかったのでやめました。。。
23: 2020/04/18(土)13:59 ID:rFrx/l8z(2/2) AAS
>>22
お、ありがとうございます！
調べて参加してみよっと
24(1): 2020/04/18(土)14:27 ID:EXyJOTQC(2/3) AAS
>>18-19
例えば「高耐久のmicroSD」とか「低発熱のUSBメモリやSSD」、「ヒートシンクやファンはこんなの使ってるよ」みたいな話ですかね
もう少し拡大解釈してラズパイ3Bでの設定なんていうのもあったらどうかな、と
ゲーム系のwikiだとこういうのも結構載ってるのでどうかなーと思いました
25: 2020/04/18(土)14:52 ID:TMnROKDH(1) AAS
詳しくないから提案しかできなくて申し訳ないんだけどネットワークブート使ったらSD必要ないんじゃないのかな
26(2): 2020/04/18(土)15:09 ID:FWP3XLX8(5/15) AAS
>>24
ヒートシンクとファンは、Miuzeiのケースとセットのやつを使ってます。
Pi-FANより静かで振動も少ないので気に入ってます。
3Bの設定は、いまちょうどRaspbian Buster Liteで試しているところなのでしばしお待ちを。
仕事をダウンロードし始めたけど終わらないｗ
Debianな3B+の人もよければ書いてもらえると嬉しいですｗ
27: 2020/04/18(土)15:39 ID:EXyJOTQC(3/3) AAS
つけっぱなしになるので静かなファンの情報はありがたいですね
俺はアーマーケースにPi-Fanをねじ止めして3Vで回してます。これで48度くらい。50度まで上がることはなかったです
本体はぬるくていいんだけどｍSATAのSSDをUSB変換した奴がヒートシンク貼ってもなおめちゃくちゃ熱い．．．
28: 2020/04/18(土)15:48 ID:7FyqvE5D(1/2) AAS
おっ、メンバー増えてる。
いらっしゃいませ。
外部ﾘﾝｸ[php]:boinc.bakerlab.org
29(2): 2020/04/18(土)16:08 ID:FWP3XLX8(6/15) AAS
>>26
3BとRaspbianでRosettaチャレンジの途中経過報告です。
ダウンロードは45分ぐらいかかりました。
Wi-Fiだし、ネットが混んでいたのかもしれませんが。
仕事を始めたものの、4コアを使う設定だと3つがメモリ不足になったので
早々に1コアだけに変更しました。
10-11時間の仕事が6つ来て、期限が70-71時間後なので
間に合うかかなり微妙な感じです。
こちらも次はたくさん貰わないように設定を。
エラーが発生しなければ次の報告は明日の朝ですかね。
30(2): 2020/04/18(土)16:11 ID:uqDr6Zah(3/6) AAS
>>26
では色々と。
今回のチームに参加させて頂くにあたり、Raspbianのkernel8.img は訳あって削除しちゃってるし、
過去自分の3B+でUbuntuを試してみたら重くてこりゃいかんと思ったので、以前から興味があったDebian aarch64に手を出してみました。
導入は以下のブログが大変参考になると思います。
外部ﾘﾝｸ:matoken.org
必要無い項目は各々の判断で飛ばして構わないと思います。
あとメモリはすぐ溢れるのでスワップ領域の確保は必須。1〜2ギガはあったほうがいいでしょう。
BOINCやるのに最低限の追加パッケージを入れて、こちらのテンプレに従い設定を済ませれば準備完了。
サスペンドやメモリのしきい値等は各々でご判断願います。
省6
31(2): 2020/04/18(土)17:12 ID:7FyqvE5D(2/2) AAS
>>29
ラズパイ3だと、CPU性能を活かせずにもったいなさそうですね。
でも>>30さんの言うスワップを多くとる設定をすれば、CPUのすべてのコアを使えるようになるのだろうか。
フラッシュメモリーがすり減らないように、
USBメモリーをスワップ領域として設定できればいいのかな。
カスタマイズの動機は出てきますね。
32: 2020/04/18(土)17:24 ID:uqDr6Zah(4/6) AAS
>>31
画像ﾘﾝｸ[png]:i.imgur.com
画像はおととい夜のもの
この状態で１ギガ近くまでスワップアウトが発生してた
スワップアウトすら出来ないタスクをこなしている場合、この様にはならない
今日は重めの仕事が多いようで、増えても２発同時
33: 2020/04/18(土)18:08 ID:FWP3XLX8(7/15) AAS
>>29
明日の朝ですかね、なんて書きましたが、
設定をいろいろ変えている試している最中にふと気がつけばリストから消えていました。。。
計算エラーかと思ってウェブで確認したら「計算済、検証済み」だったので一安心です。
34: 2020/04/18(土)18:17 ID:FWP3XLX8(8/15) AAS
>>31
スワップ領域は2GB用意していたんですけどねぇ。
結局スワップは5MBぐらいしか使わなかったようです。
まあ仕事次第だとは思います。
4Bで動いているものを見てみると
COVID-19以外の仕事が重なるとメモリ不足で待機状態になっています。
今3Bでやってる仕事もCOVID-19ではないんですよね。
仕事の内容に依存するなのでコア数を元に戻してちょっと様子を見てみようと思います。
35(1): 2020/04/18(土)18:22 ID:FWP3XLX8(9/15) AAS
>>30
早々にありがとうございます。
3B+の報告がなかったら私も3Bでやってみようとは思いませんでしたｗ
Debianは未経験なのでぜひ試してみたいですね。
36: 2020/04/18(土)19:43 ID:jluZ27FP(1) AAS
Linuxがまだ使い物にならなかった頃、BONIC的なモノが流行ってたんだけど、ラズパイで今再び流行るなら、実は使い道がないって事かもしれないよ。
37(1): 2020/04/18(土)20:16 ID:uqDr6Zah(5/6) AAS
>>35
もし試されるならGUIは Windows Maker や twm くらい低リソースのものでないと厳しいですね。
(場合によってはそれらすらメモリ不足で制御不能になる)
どこかにビルドいらずのイメージもあるので探してみて下さい。
(出所は正当なのですが、申し訳ない事に勝手に載せていいかわからないのでリンクは貼れません)
38: 2020/04/18(土)20:28 ID:FWP3XLX8(10/15) AAS
『Raspberry Pi 3 Model BとRaspbian Buster LiteでRosetta@home』
●前提
メモリ節約のため、GUIは使いません。
Raspbian Buster Liteをインストールしてraspi-configで諸々の設定は済ませておいてください。
●Rosetta@home プレファレンス
ウェブで設定を変更して、軽めの仕事も割り振られるようにしておきます。
「あなたのアカウント」→「Rosetta@home についての好みの設定(プレファレンス)」→「プレファレンスを編集」
→「Target CPU run time (not selected defaults to 8 hours)」を「2 hours」に変更。
外部ﾘﾝｸ[php]:boinc.bakerlab.org
39: 2020/04/18(土)20:32 ID:FWP3XLX8(11/15) AAS
続きが書き込めない… orz
40(7): 2020/04/18(土)20:53 ID:FWP3XLX8(12/15) AAS
断念してこっちに貼りましたｗ
『Raspberry Pi 3 Model BとRaspbian Buster LiteでRosetta@home』
外部ﾘﾝｸ:pastebin.com
41: 2020/04/18(土)20:55 ID:FWP3XLX8(13/15) AAS
>>40
タイトルに偽りありでした。
R@hに参加するところまでは書いてませんｗ
42: 2020/04/18(土)21:13 ID:FWP3XLX8(14/15) AAS
手順を書いている間にまたひとつ仕事が終わってました。
>>40 の設定で、コア100%にするとかなり重くなって操作が難しくなったのでコア75%で試しています。
同時に1つか2つ動いています。
どれも推定10hですが実際には2-3時間で終わっているようです。
プレファレンスで2 hoursを指定していますので、それからすると3時間でもおかしくありません。
推定時間の計算が間違っているのでしょう。ベンチマークやりなおそうかな。。。
これぐらいスムーズに動いてくれるなら3Bも十分使い物になりそうですね。
43(1): 2020/04/18(土)22:19 ID:jTsk/K9T(1) AAS
実行時間を短くすれば、ラズパイ3B系でもRosetta@Homeいけるのか。
(まともにチューニングしなかったので、メモリ足らなくて3B+で動かすのを諦めた)
44(1): 2020/04/18(土)22:29 ID:FWP3XLX8(15/15) AAS
>>43
ぜひぜひ再挑戦してみてください。
いま3つ同時に仕事をこなしているのをみて、ちょっと感動していますｗ
45: 2020/04/18(土)23:27 ID:uqDr6Zah(6/6) AAS
>>44
やはりやれば出来る子ですよね。
私は明日いらないカーネルモジュールも試しに削ってみます。
modprobe -r でいけるかな。
46(1): 2020/04/19(日)01:24 ID:RAOp5yJV(1/7) AAS
集団免疫になるほどの抗体が体内にできないかもしれない。
そうなれば、徹底的に薬物治療で叩いて、撲滅させるしかないのかもしれない。
しかし、そのような薬物はまだない。
だから、新型コロナウイルスの解明に取り組むこういうRosetta@homeや、folding@homeに貢献することが大切なのかもしれない。
このウイルスのことがもっとよく分かれば、特効薬も開発できると思うからだ。
外部ﾘﾝｸ:jp.reuters.com
ＷＨＯで緊急事態対応を統括するマイク・ライアン氏は、抗体に効果があったとしても、
多くの人が新型ウイルスに対する抗体をすでに持ち、これによりいわゆる「集団的な免疫」が獲得され始めていることを示す兆候はほとんどないと述べた。
外部ﾘﾝｸ:this.kiji.is
新型コロナウイルスを巡る日本感染症学会のシンポジウムが18日都内であり、治療に応用されている既存薬の効果について
省1
47: 2020/04/19(日)08:05 ID:GPR6kH8T(1/6) AAS
現在715位
「前へ」をクリックするとハーバード大学チームやGitHubチーム、FreeBSDチーム等がいる様な序列
外部ﾘﾝｸ[php]:boinc.bakerlab.org
48: 2020/04/19(日)08:34 ID:GPR6kH8T(2/6) AAS
>>46
我々に今出来ること
1. 外出時はマスク着用厳守
2. 人体に害が無い濃度の次亜塩素酸ナトリウム水溶液(ハイターや100円ショップブリーチをうすめたので十分)で徹底除菌
目安は500mlペットボトルに対し最低小さじ2〜3杯
3. 不要不急の外出を極力控え、ラズパイでBOINCに勤しむ
49(1): 2020/04/19(日)11:47 ID:kMAB+Chp(1) AAS
コマンドライン方式で参加しようと思うのですが
物理的が書き出しが起こるのは
--dir で指定したディレクトリ以下と、メモリオーバーで起こるswap書き出し
の2点だけという理解であってますか？
その2点だけうまく回避すればｓｄカード寿命に影響ない？
50(2): 2020/04/19(日)12:03 ID:Y9QeaUdB(1/11) AAS
>>37
busterのPREVIEWのイメージがあったのでそれを使って3B+をセットアップしてみました。
apt upgradeして、スワップとWiFiの設定、
BOINC関係は3B用に書いた >>40 と同じような設定です。
必要最小限の設定しかしていませんがとりあえず仕事待ちの状態にはなりました。
しばらく様子見です。
51: 2020/04/19(日)12:34 ID:GPR6kH8T(3/6) AAS
>>49
多分大丈夫だと思うけど心配なら安いの買ってクローンして使った方がいい
>>50
多分私が見つけたやつと同じですねｗ
今日は書いて下さったrsyslogやsystemd-timesyncd,cron,polkitを止め、安全に
アンロード出来そうなカーネルモジュールを modprobe -r した後キャッシュメモリをdropしてから稼働してます
今のところ３発演算中です
画像ﾘﾝｸ[png]:i.imgur.com
52(1): 2020/04/19(日)12:55 ID:Y9QeaUdB(2/11) AAS
>>50
>>40 の「ログ/ジャーナル関係」をやったあと、やっと仕事がもらえました。
たまたまなのか、微妙にメモリが足りなかったのかわかりませんが。。。
53(1): 2020/04/19(日)13:18 ID:GPR6kH8T(4/6) AAS
>>52
そのうち馬車馬になりますよｗ
参考になるかわかりませんが現在の私の設定はこんな感じです
画像ﾘﾝｸ[png]:i.imgur.com
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